COMES Modeller zabezpečuje flexibilitu systému COMES, umožňuje modifikaci jeho MES funkčností. Modul je možné uživatelsky konfigurovat, tj. modelovat vztahy mezi daty a výpočty nad nimi – odtud název Modeller. Umožňuje vytvářet informační toky ve výrobě, určovat výrobní workflow, přetvářet data na informace, přizpůsobovat standardní aplikace a implementovat speciální požadavky uživatelů.
Součástí modulu je volně přístupné vývojové rozhraní, které umožňuje uživateli z řad IT specialistů a aplikačnímu inženýrovi on-line konfigurovat COMES a reagovat na reálný život výroby a z toho vyplývající změny. Modul slouží i pro vývoj zákaznických aplikací, např. výpočty statistik, klíčových výrobních ukazatelů, datových sestav a protokolů aj. Zdrojem dat mohou být jak ostatní moduly COMES (Historian, Traceability, Batch) tak i externí databáze.
Statistiky a výsledky analýz může uživatelům zobrazovat formou grafů a protokolů, kterých má Modeller vestavěny desítky typů.